21 жовтня 1921 – першим митрополитом УАПЦ обрано Василя Липківського. Він був у 1919–1927 рр. — останнім настоятелем і доглядачем Софії Київської. За визначенням академіка Агатангела Кримського — «апостол українського релігійно-національного відродження». Усі єпископи Московського патріархату відмовилися брати участь у соборі.
Вперше в нашій історії Всеукраїнський церковний собор, за практикою стародавньої Александрійської церкви — покладанням рук усього духовенства — висвятив свого першого єпископа. Василь Липківський йшов від пам’ятника Богдану Хмельницькому до вівтаря Святої Софії, а всі миряни клали руки на його рамена. Так українці обрали його главою Української автокефальної православної церкви — Митрополитом Київським і всієї України.
Своїми рішеннями Собор проголосив створення УАПЦ, наголосив на непідлеглості Церкви керівництву інших церков і визнав примусовий перехід Київської церкви під зверхність Московського патріархату 1686 року аморальним та неканонічним актом.
Після цього були затверджені головні засади життя Української церкви:
– автокефалія, відокремлення від держави, соборність,
– рідна мова в храмах та в церковних школах.
До жовтня 1929 року отець Василь мешкав на подвір’ї Софійського собору. Робочий кабінет Василя (Липківського) містився на верхньому поверсі південної вежі Софії Київської. Коли влада закрила храм, Липківський був змушений переселитися до своєї сестри на Солом’янку — поруч зі Свято-Покровською церквою. Від голодної смерті його врятували грошові перекази, які впродовж чотирьох років надсилав йому священик Української церкви в Канаді Петро Маєвський. Попри все, отець Василь писав “Історію Української Православної Церкви”, а також проповіді та спогади, і дуже шкодував, що втратив свою багатющу бібліотеку.
У січні 1930 р. влада примусила УАПЦ оголосити про саморозпуск, десятки її священиків і тисячі вірних загинули у в’язницях і концтаборах, а наступник Липківського, митрополит Микола Борецький, збожеволів від тортур.
1934 року комуністи закрили Покровську церкву, а самого Липківського виселили за місто — в хатку в Олександрівській слободі (нині це південно-західна околиця Солом’янки).
У вересні 1937 року Василь Липківський отримав від Петра Маєвського запрошення очолити Українську церкву в Канаді і дав на це свою згоду. 22 жовтня його заарештували. Старша дочка та двоє синів Липківського теж були заарештовані й відправлені до Сибіру. Чекісти звинуватили 73-літнього отця Василя в тому, що він «був одним із керівників націоналістичної фашистської організації українських церковників, яка ставила собі за мету відрив України від СРСР і створення самостійної держави».
22 жовтня 1937 — заарештований митрополит Київський і всієї України Василь Липківський.
27 листопада 1937 р. за вироком «особливої трійки» при Київському управлінні НКВС був розстріляний 73-річний «народний патріарх» митрополит Василь (Липківський). Точне місце поховання невідоме (на Лук’янівському цвинтарі в Києві встановлено символічний пам’ятний хрест).
