Козацький нащадок Іван Макуха народився 30 березня 1867 р. у с. Лисянка Звенигородського повіту Київської губернії (тепер Черкаської області). Його батьки були неписьменними кріпаками князя Радзивілла, власний невеликий земельний наділ обробляли всією родиною.
Початкова школа у Лисянці, після якої батьки віддали Івана в науку до місцевого іконописця. Чотири роки хлопчина практично був наймитом у маляра-п’яниці. Заробити якусь копійчину давало вміння малювати портрети з фотографій. 21-річним Іван потрапив у москалі, служив у Санкт-Петербурзі. Трохи дивно, але солдат почав відвідувати вечірні класи рисовальної школи Імператорського товариства сприяння мистецтвам і на останній рік служби досягнув головного класу.
У 1892 р. склав конкурсний іспит і став вільним слухачем Петербурзької Академії мистецтв у гіпсово-головному класі. У 1895-м за картину «На дозвіллі» удостоївся звання вільного художника з правом продовжувати навчання в Академії. У 1897 р. його перевели до майстерні професорського керівництва. Іван Семенович Макушенко навчався в майстерні І. Рєпіна. У 1897 р. здобув звання некласного художника.
У листопаді 1900 року за картину «Неділя в Малоросії» Іван Семенович одержав звання художника. З 1904 Макушенко переїхав в Україну, оселився у Києві на Андріївському узвозі, в замку Ричарда. 
Худ. І. Макушенко. Вечір 1912 р. Взяв Макушенко участь у пересувній виставці картин в Умані, де експонувалися роботи художників Петербурга, Москви, України. Відвідувачі були в захопленні від його робіт і довго простоювали біля картини «Перед святом» (1904).
У лютому 1905 р. Іван Семенович взяв участь у виставці у Львові, де експонував три картини: «Перед святом», «Коло господарства», «У бабусі» (цю роботу придбали для музею Наукового товариства імені Шевченка у Львові. Тепер вона зберігається у Львівському музеї українського мистецтва).
У 1905 р. його роботи експонувалися на Всесвітній виставці в Сан-Луї (США), де за картину «Дочка» присудили велику срібну медаль.
Упродовж 1905—19 викладав у Київській художній школі: спочатку викладачем у старших живописних і рисувальних класах, з 1913 р. був директором школи. Кожного літа Іван Семенович приїздив працювати до рідної Лисянки. У власній садибі на правому березі річки Гнилий Тікич – Замості він створив низку картин і етюдів.
Від 1934 р Макушенко викладав у Київському художньому інституті. Продовжував творити:
«Селянка з дівчинкою» (1936), «Лірник» (1938).
І. Макушенко був учасником більш як чотирьохсот художніх виставок, влаштував 50 персональних. Його твори експонувалися в Австралії, Алжирі, Англії, Індії, Іраці, Італії, Канаді, Лівії, Колумбії, Швейцарії, США, Франції, Японії. Твори художника зберігаються у Національному художньому музеї України (Київ), Національному музеї у Львові імені Андрея Шептицького, у Лисянському історичному районному музеї («Портрет сестри Оксани»).
Помер 88-річний Іван Семенович Макушенко 7 червня 1955 року. Похований у Києві.
