Щойно король Казимир Великий отримав згоду від Папи на заснування навчального закладу, 12 травня 1364 року він видав грамоту про заснування в Кракові, на той час столиці Королівства Польського, університету Studium Generale (перша офіційна назва університету в Кракові). Заклад почав повноцінно функціонувати з 1367 року. У ті часи теологія розглядалась як дисципліна з найвищим рейтингом, тому Папа Урбан V не дав дозволу на створення факультету теології, університет складався з трьох факультетів: гуманітарні науки, медицина та право.
Після смерті короля заклад не працював 30 років. Діяльність університету відновилася в кінці XIV століття завдяки зусиллям королеви Ядвіги, дружини короля Ягайла. В часи її правління була збудована колегія, в якій оселився професорський склад, бурси для студентів. Це був перший навчальний заклад у Європі, в якому були окремі кафедри математики та астрономії. Ядвіга, померла дуже молодою. Вона заповіла університету всі свої коштовності. Поляки любили добру королеву, яку після смерті зарахували до лику святих. У 1400 року університет було реорганізовано її чоловіком Владиславом II Ягайлом.
Від початку в Ягеллонському університеті навчалось багато українців. Студентом і засновником кафедри астрономії Краківського університету був Мартин Русин. На кафедрі Русина навчалися Яків із Залісся, Іван Брошка з Підляшшя, Микола з Шадка, Михайло з Довгопілля, Амброзій з Бардієва, Григорій з Нового Села, Бернард Ваповський із Радохонець, Юрій Котермак з Дрогобича, який став першим вчителем Миколая Коперника. В університеті навчався й викладав поет і науковець Григорій Самбірчик, випускник Падуанського університету Ян Лятос.
У Краківському університеті працювали українські вчені: прихильник Берестейської унії Іпатій Потій, ректор Київської братської школи Касіян Сакович, ректор Яґеллонського університету і одночасно парох Краківської греко-католицької церкви Лев Лаврисевич.
З 1817 року університет став називатися Ягеллонським (польською – Uniwersytet Jagielloński, лат. Universitas Jagellonica Cracoviensis), щоб підкреслити зв’язок із династією Яґеллонів. навчальний заклад у Польщі – Ягеллонський університет
У 1818 р. при Ягеллонському університеті було створено Школу рисунку і малярства пізніше перетворену на самостійну школу (з 1900 р. – Академію) мистецтв. Серед перших учнів цієї школи з 1873 р. був відомий маляр Т. Копистинський. Серед найвідоміших вихованців Академії – українців художники Михайло Бойчук, Лео Ґец, Микола Касперович, Осип Курилас, Олекса Новаківський, Іван Труш,
За австрійських часів українці вивчали, в основному, теологію та медицину. На теологічному факультеті Ягеллонського університету студіював Андрей Шептицький; викладали Флоріян Кудревич, Леон Лаврисевич. У Кракові українці вивчали переважно медицину Іван Колесса, з 1889 р. професором медицини був Валерій Яворський.
З другою хвилею еміграції до Кракова прибули нові студенти, серед них: Діонізій Король (Гірнича академія), Осип Дзедзіц (агрономічний факультет ЯУ), Мирон Латишевський (музичний факультет ЯУ), Лев Гец, Василь Крижанівський, Олекса Карпенко, Петро Обаль і Северин Борачок (Академія мистецтв), молода поетеса Наталія Лівицька, дочка Андрія Лівицького, президента УНР в екзилі, Кость Карван (філософський факультет ЯУ), Софія Гладіївна (агрономічний факультет ЯУ), Роман Криштальський, Василь Палидвір (правничий факультет ЯУ).
У 1926 році при Ягеллонському університеті була створена кафедра української філології (література — Богдан Лепкий, мова — Іван Зілинський); крім того, працювали доцентами українці: Степан Томашівський, Ю. Панейко, Володимир Кубійович, лекторами української мови — Юліан Ґеник-Березовський, Володимир Мокрий (з 1972 року). Там навчалися Василь Стефаник, Катря Гриневичева, І. Прийма, Роман Яросевич, Володимир Старосольський, В. Вітошинський, В’ячеслав Липинський, Михайло Галаса.
Пізніше у старовинному Кракові була створена кафедра українознавства на нововідкритому факультеті міжнародних і політичних відносин.
