Москва почала бунт проти Константинополя ще у 1441 році, коли ув’язнила та прогнала до Рима свого канонічного главу-Митрополита Київського і всія Русі Ісидора. Після втечі Ісидора Собор ієрархів обрав митрополитом Йону, це започаткувало Московську митрополію, що до 1589 року не мала офіційного визнання своєї автокефалії.
У 1588 р. із захопленого османами Константинополя по пожертви Константинопольський патріарх Єремія II Транос поїхав до Московії. 21 червня 1588 року Москва прийняла Вселенського патріарха. Його оселили у Старому Рязанському подвір’ї Москви. На переговорах із царем Федором Івановичем і Борисом Годуновим патріарху запропонували надати резиденцію у Владимирі-на-Клязьмі. Єремія на це не погодився, тому півроку патріарха утримували в неволі у Москві: до патріарха приставили сторожу, йому заборонили зустрічатися будь з ким без дозволу посольського приказу й виходити на подвір’я. Навіть на базар константинопольські монахи ходили лише у супроводі царських наглядачів. Зрештою під загрозою смерті Єремія II Транос, з порушенням церковних канонів, погодився надати Московському митрополиту титулу патріарха.
У неділю 26 січня 1589 року в Успенському соборі Кремля собор вищих православних ієрархів Московії разом із Вселенським патріархом «Уложонною грамотою» проголосив створення Московського патріархату. В документах собору йдеться про участь 56 священників, але наявні всього 32 підписи, вірогідність деяких з них викликає сумніви навіть у московських істориків. Про що писали: митрополит Макарій «История Русской Церкви», П. Мілюков «История русской культуры», А. Маков «Учреждение Патриаршества в России», Ф. Терновський «Изучение Византийской истории». Отже, утворення Московського патріархату неканонічне з церковної точки зору та незаконне з правової.
Собор обрав 64-річного митрополита Іова першим патріархом Московським і всієї Русі.
Обрання московського патріарха для всієї Русі (України) викликало незадоволення українців і стало прелюдією до створення Берестейської унії.
У травні 1589 року патріарх Єремія ІІ з почтом і щедрими дарами виїхав із Москви.
З цього часу існує міф про Москву – “третій Рим”.
З часів Петра І в імперії була офіційна назва «Російська правовірна церква грецького канону».
