Народився майбутній художник 1885 року (точна дата не встановлена) на хуторі Лапин Ріг під Козельцем на Чернігівщині у дворянській поміщицькій родині. Початкову домашню освіту Мико здобув від няньки та приватної вчительки. Шістнадцятирічним потрапив до Москви, де упродовж чотирьох років учився у Строганівській художньо-промисловій школі (1901-1905). Після її закінчення Касперович вступив до Краківської академії мистецтв, яку щойно завершив Михайло Бойчук. Учителем Миколи був художник-імпресіоніст проф. Юзеф Панкевич. 24-річний випускник закінчив Академію мистецтв зі срібною медаллю.
Восени 1909 р. Микола Касперович переїхав до Парижа, навчався в майстернях французької столиці. 8 жовтня 1909-го вступив до «Української громади в Парижі», приєднався до гуртка молодих митців школи Бойчука. Відвідував цю школу разом із Софією й Тадеушом Налепінськими, Софією Сегно, Оленою Шрамм, Софією Бодуен де Куртене та Яніною Леваковською. За свідченням історика української паризької громади Євгена Бачинського, Микола Касперович «дуже пристойний і вихований хлопець, чи не найталановитіший учень Бойчука». У квітні 1910 р у паризькому Салоні незалежних було виставлено 18 робіт Михайла Бойчука, Софії Сегно 
та Миколи Касперовича («Архітектор Всесвіту»), підписаних як об’єднання «Rénovation Byzantine» («Візантійське оновлення»); про що писала французька та польська преса, львівська газета «Діло». Це привернуло увагу мистецького бомонду і Касперовича запросили до «Міжнародного союзу митців та письменників».
У грудні 1910 р припинила існування «Паризька школа» і М. Касперович разом із Михайлом Бойчуком, Софією Налепінською повернулися в Україну через Італію (Флоренцію, Равенну та Венецію). У Львові під керівництвом І. Свєнціцького в Національному музеї займалися реставрацією ікон і фресок, удосконалювали теоретичні знання. М. Касперович із М. Бойчуком на замовлення митрополита Андрея Шептицького виконали розписи каплиці Дяківської бурси, церкви у Ярославі під Львовом, написали монументальну ікону “Тайна Вечеря”.
У 1912 р. Микола Касперович і брати Тимко та Михайло Бойчуки на замовлення Російського археологічного товариства виконали реставраційні роботи в селі Лемеші поблизу Козельця: усипальницю родини Розумовських і давнього іконостасу в їхній церкві Трьох Святих. Роботи зупинили з початком Першої світової війни.
Микола Касперович автор малюнків шаблі Івана Мазепи, булави і пернача Павла Полуботка, козацької корогви Домонтовської сотні для «Ілюстрованої історії України» М. Грушевського (1913).
А далі робота викладача «Ікони та фрески» в майстерні Бойчука, спеціальних дисциплін на курсах учителів малювання та скульптури в Миргородському художньо-керамічному технікумі (до 1921-о року); професор Української державної академії мистецтв.
По суті, Касперович один із тих, хто закладав основи наукової реставрації в Україні, здійснював нагляд за станом збереженості давніх пам’яток Києва. Керував реставраційною майстернею Державного культурно-історичного заповідника «Всеукраїнське музейне містечко» в Києві (1927-1930). Виконував реставраційні роботи в Харківському художньо-історичному музеї (1928); в київських музеях Російського та Західного та Східного мистецтва (1935-1937). Реставрував Врубелівський іконостас Кирилівської церкви у Києві (1935).
Упродовж 1932-1938 рр мешкав Микола Касперович на території Києво-Печерської лаври, будинок 39-го корпусу «Цитаделі» №14. 3 березня 1938 р агенти НКВД здійснили трус житла. У присутності вченого та його сина вилучили листування Миколи Івановича, три фотоапарати, фотокасети до них, восьмикратний бінокль та дві підзорні труби. Ці засоби для проведення реставраційних робіт «швондери» оформили як речові докази «шпигунства» реставратора.
Того ж дня (3 березня 1938 р.) за звинуваченням в участі у «петлюрівсько-повстанській і контрреволюційній націонал-фашистській організації» Миколу Касперовича арештували. Лук’янівська в’язниця, допити, за вироком судової трійки НКВС його засудили до «вищої міри покарання»
7 травня 1938 р. о 23 годині у м. Київ енкаведисти розстріляли 53-річного Миколу Касперовича – реставратора, живописця, учня Михайла Бойчука. Знаємо, що прах бережуть свічки скорботи биківнянських сосен…
Майже всі роботи Миколи Івановича Касперовича були знищені, поодинокі твори зберігаються у Національному музеї у Львові, Українському католицькому університеті (м. Філадельфія, штат Нью-Джерсі, США).
