Аполлон Скальковський народився 13 січня 1808 р. у м. Житомирі в сім’ї дрібномаєтного поміщика. Дворянська родина дала синові домашнє виховання, потім час «у монастирській тиші школи Литовського округу». Після гімназії юнак подався у світи: спочатку студіював медицину у Віленському університеті, через два роки на юридичному факультеті Московського університету. Студентом відвідував салон княгині З. Волконської, був у дружніх відносинах із польським поетом Адамом Міцкевичем, який тоді жив у Москві.
У двадцять років А. Скальковський отримав ступінь кандидата права та приїхав на службу до Одеси. За однією з версій, краєзнавча діяльність науковця розпочалася з того, що у 1834 р. скромний канцелярист при Новоросійському генерал-губернаторові подав графу Михайлу Воронцову «Записку», що починалася фразою: «Новоросійські степи ще досі не мали свого історика». Автор «Записки» передбачав, що саме в його непоказній особі історична наука знайде свого найкращого хроніста.
Генерал-губернатор Михайло Воронцов підтримав ініціативу канцеляриста. Працездатність і наполегливість Скальковського помножені на інтуїцію, удачу й аналітичний талант згодом цілком підтвердили самооцінку. Аполлон Олександрович обстежив усі південні архіви. У 1833-1839 рр. виявив у Сімферополі «все, що можливо про перші роки російського панування в Тавриді».
У 1835 р. А. О. Скальковський виїхав з Одеси. Його шлях пролягав через міста і фортеці, збудовані в процесі руху російської держави до чорноморсько-азовського узбережжя, через давні козацькі зимівники, через запорозькі села Романкове і Сухачівка, через Катеринослав, Новомосковськ, Павлоград. Дослідник оглядав Дніпрові пороги, Січ, Хортицю, невелику верф в урочищі Кічкас. У катеринославських губернських архівах він знайшов документи Новоросійської й Азовської губерній, Катеринославського намісництва, другої Новоросійської, а з 1802 р. – Катеринославської губернії. Там же він знайшов архіви генерал-губернаторських канцелярій. Скрізь – від Новоархангельська до Криму – він знаходив документи до історії Південної України, збирав пісні та перекази про запорозьке козацтво, купував у приватних осіб цінні документи до історії Запорозької Січі. Друга археографічна експедиція А. Скальковського у 1839 р. була успішною через те, що в Катеринославі він знайшов залишки Архіву Коша Нової Запорозької Січі з документами за 1730–1775 рр.
Любили одесити погомоніти «за сімейне життя» Аполлона Скальковського. Адже немало романтики, авантюризму було в коханні 15-річної інститутки Софії Живкович та 32-річного Аполлона. А потім поживу для язиків давали неординарні діточки Скальковських, а їх було більше десятка.
Поступово в наукових заняттях Аполлона Скальковського домінуюче місце зайняла історія Запорозької Січі. Вже у 1841 р. на основі вивчення залишків Архіву Коша Нової Запорозької Січі та інших джерел він опублікував книгу «История Новой Сечи, или последнего Коша Запорожского». З метою попрацювати над матеріалами Архіву Коша Нової Запорозької Січі з Катеринослава до Одеси приїхав Дмитро Яворницький. Яворницький був скупеньким, старався випросити матеріали, пам’ятки, а Скальковський чесно купував потрібне, тому не любив, коли його використовували «на шару». Він не дозволив Яворницькому безкоштовно працювати з архівом. З того часу Дмитро Яворницький дуже недолюблював одесита, казав – не зійшлися характерами.
Здобутками невтомного й оригінального дослідника Півдня України захоплювалися чимало сучасників, які називали його «Геродотом Новоросійського краю». А. Скальковський – автор 276 наукових праць, історичних романів («Кагальничанка», «Хрустальная балка», «Братья Искупители», «Мамай»).
19 грудня 1856 р. був обраний членом-кореспондентом Петербурзької АН.
Останню наукову поїздку Південною Україною А. Скальковський здійснив, коли йому було вже 78 років.
А.О. Скальковський, прослужив у Новоросії 70 років, був живим архівом для всіх, кому потрібні були в Одесі якісь довідки щодо місцевої історії та статистики.
9 січня 1898 р. в Одесі помер перший дослідник козацького степу Аполлон Скальковський, не дожив 3-х днів до 90 років.
У Петербурзі й Одесі зберігся архів Скальковського, досі не опублікований щоденник, розпочатий ще за студентських років, писаний спершу польською, а пізніше російською мовою.
