7 лютого 1918 в Києві пізно ввечері митрополит Володимир тільки-но прийшов із собору, де служив акафіст Успінню Божої Матері, як у келію Владики ввірвалися п’ятеро червоноармійців на чолі з матросом. Озброєні погромники познущались, вивели священика через Всехсвятські ворота за стіни Києво-Печерської лаври та посадили в автомобіль, але від’їхали недалеко: через кількасот метрів зупинилися, там і розстріляли 70-річного митрополита Київського та Галицького Володимира (в миру Василь Никифорович Богоявленський; 1848-1918) Це місце знаходиться поруч із зупинкою автобусного маршруту №24 («Заповідник Києво-Печерська лавра» по вул. Івана Мазепи). Перед смертю архіпастир звершив молитву, благословив своїх убивць і нібито сказав: «Господь вас хай простить».
Знайдене братією тіло було спотворене великою кількістю колотих і вогнепальних ран. Акт медичного огляду тіла убитого митрополита засвідчує, що архіпастиря-мученика розстрілювали розривними кулями та кололи холодною зброєю. Гетьман Скоропадський встановив на місці розстрілу пам’ятник святителю, який був зруйнований, коли місто знову захопили більшовики.
Нині мощі священомученика митрополита Володимира покояться в Дальніх печерах Києво-Печерської лаври біля підземного храму Благовіщення.
