1 квітня 1579 р. королем Стефаном Баторієм на базі єзуїтської колегії заснований університет у Вільно, перший на території Великого князівства Литовського. Початково викладання велося латиною, в університеті вивчали теологію, філософію та право. Перший ректор Віленської академії Петро Скарга. Серед випускників університету митрополит Рафаїл Корсак, поети Адам Міцкевич та Юліуш Словацький. Не завершив навчання через арешт Вовк Мирослав Михайлович — референт СБ ОУН Дрогобицької області та Подільського краю.
Після польського повстання 1830—1831 рр. університет був ліквідований, більша частина активів була передана Київському університету.
