Олександр Васильович Фомін народився 14 травня 1867 р. у селі Єрмоловка Петрівського повіту Саратовської губернії (нині – Пензенська область). З дитинства відчував тиху радість від споглядання рослин, збору гербарію. Закінчив у 1888 р. Пензенську гімназію, вступив на природничий відділ фізико-математичного факультету Московського університету. Після закінчення університету О.В. Фомін переїхав до м. Дерпт (згодом – Юріїв, а нині – Тарту), де з 1896 р. почав викладати природознавство у жіночій гімназії та одночасно влаштувався у ботанічну лабораторію Дерптського (Юріївського) університету. Роками вивчав болотну ряску, папороті.
У 1902 р. О.В. Фомін був запрошений на посаду головного ботаніка Тифліського ботанічного саду, очолив цю установу, 12 років працював, заснував журнал «Вестник Тифлисского ботанического сада».
У 1907 році Олександр Фомін публічно захистив у Юріївському університеті працю “Cucurbitaceae и Campanulaceae флоры Кавказа” й отримав ступінь магістра ботаніки, а у 1913 р. – ступінь доктора ботаніки за працю “Pteridophyta флоры Кавказа”.
У 1914 р. Олександр Фомін переїхав до м. Києва, де він обійняв посаду професора кафедри морфології та систематики рослин і директора ботанічного саду Київського університету Святого Володимира. Саме у цей період, викладаючи в університеті загальну ботаніку, систематику і географію рослин, вчений зацікавився значно ширшим колом ботанічних питань. Продовжуючи детальні критико-систематичні дослідження судинних спорових та голонасінних рослин, він розпочав також вивчення сфагнових мохів України, зацікавився дослідженнями грибів. Олександр Фомін створив школу ботаніків Київського університету, ядром якої були майбутні видатні ботаніки. З великою енергією він взявся за реконструкцію саду, поповнення його колекцій, особливо оранжерейних рослин, розширення і збагачення гербарію. Оселився професор Київського Університету в хатинці на території саду; віддавав Олександр Васильович роботі в саду весь вільний час. Під час Першої світової та воєн із окупантами зібрання живої природи зазнало нищівних обстрілів і різношерстих набігів. Олександр Фомін разом із головним садівником Ернстом Гонбаумом одягом і ковдрами закривали вибите в теплицях скло – хоч самі клякнули в люті морози.
У 1918 році створилася Українська академія наук (УАН). У 1921 році Фоміна обрали дійсним членом ВУАН. За його ініціативи у 1921 р. був створений Національний ботанічний музей-кабінет і гербарій УАН (вони стали фундаментом Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України. О. Фомін їх і очолив. 1922 року створилася науково-дослідна кафедра ботаніки Управління наукових установ Народного комісаріату освіти УРСР, завідувачем якої призначили Фоміна. Базою кафедри призначили університетський ботанічний сад.
Саме в цей час (1922 р) перед початком офіційної українізації радянська імперія зробили красномовний крок: усі республіканські університети оголосили «буржуазной отрыжкой» (не можу пояснити собі такого!), тільки РФ зберегла університети. Так, Київський університет було реорганізовано в Київський інститут народної освіти. У 1923 році Фомін заснував журнал «Вісник Київського ботанічного саду», який став вельми популярним серед широких ботанічних кіл і видається й нині.
Якої думки про академіка були співробітники? Ось як писав Дмитро Зеров (брат поета-неокласика): «знають його не тільки як ентузіаста-науковця, організатора ботанічної науки та активного громадського діяча, – вони знають його як чутливу й уважну людину, яка завжди готова була допомогти, підтримати, дати пораду. Поруч із тим Олександр Васильович ніколи не висував наперед ні власної особи, ні своїх заслуг. Характерна риса, – Олександр Васильович уперто відмовлявся від пропозицій улаштувати його ювілей». З 1931 року академік Олександр Фомін – директор Інституту ботаніки АН УРСР. До речі, академік Фомін так і жив у садовому будиночку до кінця свого життя.
16 жовтня 1935 р. після тривалої тяжкої хвороби 66-річний академік Олександр Фомін упокоївся, похований на Лук’янівському меморіальному цвинтарі у м. Києві. Після смерті О. В. Фоміна, Ботанічний сад було названо його ім’ям.
