1 травня 1497 року, коли митрополит Київський Макарій служив Божественну літургію в храмі с. Скригалова, напали перекопські татари. Святитель закликав присутніх рятуватися, а сам залишився біля вівтаря та прийняв мученицьку смерть. Татари зарубали його, відітнули ступню правої ноги, ліву руку та голову.
Тіло митрополита привезли до Києва, вкрили полотняним покривалом і поклали в храмі Святої Софії. Перед іконостасом у соборі, де спочивав святитель, неодноразово самі запалювалися свічки, а від його гробниці інколи виходило світло й вогонь. Канонізація святителя відбулась у 1621—1622 роках, за митрополита Київського Іова Борецького, у державі Річ Посполита.
Нині нетлінні мощі святого покояться у Володимирському соборі.
