Микола Іванович Пирогов (1810-1881) одружувався двічі. Вперше 32-річний хірург скромно обвінчався з 21-річною Катериною Березиною, онукою відомого генерала Татіщева. Дружину Пирогов називав «справжнім ангелом», сам навчав медицині, щодня спонукав її студіювати підручники.
Менше чотирьох років тішилися вони родинною ідилією. Катерина, встигла подарувати чоловікові двох синів, старший отримав ім’я батька – Микола Миколайович; 5 січня 1846 р. народила Володимира. Катерина померла у віці 24 років через 20 днів після пологів від запалення мозку. У день смерті дружини Пирогов намагався прооперувати дружину, врятувати її, але – не вдалося. Після цього Пирогов півроку не брав у руки скальпель.
Втім життя тривало, Пирогов мав опікуватися синами. В епіграфі до статті «Питання життя» автор писав: «До чого ви готуєте свого сина? – хтось запитав мене. Бути людиною, – відповів я». І Микола Іванович виховував хлопців людьми. 
Вісім років ходив у вдівцях. Професор обожнював синів і дуже боявся одруження, гадав, що мачуха не зможе їх полюбити. Якось на рауті у генеральші Козен Пирогов зустрів 19-річну баронесу Олександру фон Бістром, родичку уславленого мореплавця Крузенштерна. Добра і скромна дівчина полонила Пирогова. Коли вона зіграла романс Шуберта, професор не сумнівався, що це вона. За 4 місяці вони обвінчалися. Своїх дітей у неї не було. Олександра дуже кохала чоловіка, Микола та Володимир Пирогови звали її мамою. Хлопці здобули гарну домашню освіту, полюбили міфи Давнього Риму. Продовжили навчання за кордоном, займалися в Гейдельберзі, Берліні та Лейпцизі (відвідували семінари професора Т. Моммзена); предметом їхнього інтересу була давня римська історія. Старший Микола – слухав лекції ще в Оксфорді.
Жоден із синів Миколи Івановича не пішов стопами батька-хірурга: Микола став фізиком, захистив докторську дисертацію в Київському університеті. Викладав молекулярно-кінетичну теорію матерії, статистичну фізику. Був обраний членом Російського фізико-математичного товариства. Одночасно з австрійцем Людвігом Больцманом, але незалежно від нього, обґрунтував другий закон термодинаміки. Жив у Петербурзі, одружився з Лідією Кюзель, мали двох доньок та сина Миколу.
Микола Миколайович помер 1891 р у Петербурзі, похований біля батька в маєтку Вишня (нині околиця Вінниці).
Микола Іванович помер у 1881 р., дружина Олександра пережила його на 21 рік. Вдова підтримувала в маєтку порядок, померла 1902 року; заповіла 10 тисяч рублів на утримання церкви-некрополя, побудованої нею для сільських дітей школи. За заповітом Олександри Антонівни, її прах похований у могилі біля входу до церкви. Маєток заповіла онучкам старшого сина хірурга.
Молодший син М.І. Пирогова Володимир Миколайович (5 січня 1846 — після 1913) — археолог, історик античності, досліджував історію Давнього Риму. 1873-го отримав ступінь доктора філософії в Берлінському університеті. Восени 1878 р у Московському університеті захистив магістерську дисертацію, отримав ступінь магістра загальної історії. До 1884 р. приват-доцент Пирогов читав у Новоросійському університеті лекції з римської історії. Автор розвідки: “Семасіологічні та археологічні теми з історії первісної культури” (Одеса, 1887). Одружився з Марією Арнеско, дітей у них не було, багато хворів, їздив лікуватися за кордон. Помер Володимир Пирогов 1914? р, похований у Марселі.
Вишня перейшла в по життєве володіння онучкам Миколи Івановича. У часи громадянської війни вони назавжди виїхали: Лідія Мазирова в Париж, Олександра Гершельман в Афіни.
Онук медика та педагога Миколи Пирогова, Микола Миколайович Пирогів (Пирогов) народився 1875 р у Чернігові. Він продовжив справу діда, був лікарем і педагогом. Разом із дружиною Юлією вони оселилися в Ковелі, знайшлося їм дві донечки: Наталя (Таля) та Оксана. Микола був головою міської управи Ковеля. У 1915–1919 жив у Києві, де заснував і був директором 4-ї української гімназії. 1922–1923 був послом до Польського сейму.
Правнучка М.І. Пирогова — Наталя Пирогова-Зибенко (1903—1995), закінчила Українську господарську академію у Чехословаччині, письменниця (псевдо — Наталя Яхненко), приятелювала з Оленою Телігою, Наталею Лівицькою, з родиною Дмитра та Марією Донцових, навіть породичалася. Під час радянської окупації була серед в’язнів тюрми на Бригідках.
Микола Пирогів та його дружина Юлія були у дружніх, а потім і родинних стосунках з родиною Дмитра та Марії Донцових. Їх молодша дочка Оксана (сестра Талі) вийшла заміж за молодшого брата Марії Донцової, Володимира Бачинського.
Донцови часто влітку виїжджали відпочивати на Волинь, до родинного маєтку Підгірських на хуторі Любитів, поблизу Ковеля, де збиралось чимало української інтелігенції. Гостював у них Юрій Липа.
Лікар Микола Пирогов у 1941–1943 рр був міським головою Ковеля, з 1944 – в еміграції, спочатку в Німеччині, потім разом з донькою Оксаною та її чоловіком Володимиром Бачинським, рідним братом Марії Бачинської, дружини Дмитра Донцова в Австралії. Помер у 1961 р в Австралії.
