Борис Михайлович Гессен народився 16 (28) серпня 1893, м. Єлисаветграді, Херсонська губернія, у єврейській родині. Батько – керуючий банком, товариш голови міського біржевого комітету.
Домашня школа, потім російськомовна чоловіча гімназія Єлисаветграда. Другом-однокашником Бориса був Ігор Тамм (майбутній нобелівський лауреат). Із золотою медаллю закінчив гімназію. У тому ж 1913-му Борис Гессен і Ігор Тамм поїхали вчитися в Единбурзький університет (Шотландія) на факультет точних наук (1913—14). Напередодні першої світової війни Борис повернувся в Росію і навчався паралельно на фізико-математичному факультеті Петроградського університету та на економічному відділенні Санкт-Петербурзького Політехнічного інституту.
Закінчивши у 1928 році інститут червоної професури, він пропрацював у ньому ще два роки аж до моменту призначення директором науково-дослідницького інституту фізики Московського державного університету. Б.Гессен став першим деканом фізичного факультету МДУ. Залишив цю посаду в грудні 1934 року.
Воював у частинах Червоної Армії в Україні, працював у Політуправлінні Реввоєнради (1919—21) та Комуністичному університеті ім. Свердлова (1921—24).
У 1928 р. Борис Гессен закінчив навчання фізики в Інституті червоної професури (ІЧП). Починаючи від 1931 р професор фізики МДУ, декан фізичного факультету Московського університету, директор НДІФ МДУ. Його доповідь «Соціально-економічні корені механіки Ньютона» на Другому Міжнародному конгресі з історії науки та техніки в Лондоні (1931) стала важливим стимулом у розвитку екстерналістського підходу до написання історії науки; точкою появи нового напрямку в історії науки, пов’язаного з вивченням взаємовпливу розвитку науки та соціуму (соціальної історії науки). З 1 лютого 1936 р. член-кореспондент відділення суспільних наук (філософія). 
20 грудня 1936 року 43-річного фізика, професора Московського Державного університету Бориса Гессена присудили до розстрілу за звинуваченням в участі у діяльності контрреволюційної терористичної організації та підготовці терористичних актів. Вирок було виконано того ж самого дня у внутрішній тюрмі НКВС у Москві. Разом із Борисом Гессеном розстріляли вченого-фізика Аркадія Йосиповича Апіріна.
